Jaskinia Ciemna w Ojcowie należy do najbardziej znanych polskich paleolitycznych stanowisk. Pierwszych archeologicznych odkryć dokonano w niej na początku XX wieku. Ówczesne, a także późniejsze prace wykopaliskowe koncentrowały się w Oborzysku Wielkim i Ogrojcu, tj. miejscu po dawnej komorze jaskini, której strop uległ zawaleniu.

W rezultacie wszystkich tych prac uzyskano ponad 10 tysięcy zabytków środkowopaleolitycznych, zalegających w układzie stratygraficznym. Wyniki tych prac były jedynie fragmentarycznie publikowane. Brak jednoznacznych i całościowych opracowań złożonej problematyki tego stanowiska był jednym z powodów objęcia go w 2007 roku nowymi badaniami wykopaliskowymi i całościowym opracowaniem także wyników dawniejszych badań. Do chwili obecnej prowadzi je Instytut Archeologi UJ we współpracy z Muzeum Archeologicznym w Krakowie, Instytutem Systematyki i Ewolucji Zwierząt PAN, Harvard University, Univ. Washington w St. Louis, Institut Catalàde Paleoecologia Humana i Evolució Social, Tarragona, przy finansowym wsparciu Narodowego Centrum Nauki w formie dwóch grantów. Ich realizacja wykazała, że sekwencja neandertalska w tym miejscu jest znacznie bardziej urozmaicona i nie sprowadza się głównie do śladów mikockich, jak dawniej przyjmowano. Okazało się, że sedymenty Jaskini Ciemnej zawierają również poziomy kultury lewaluasko-mustierskiej i tzw. taubachienu. Dużym sukcesem szczegółowej eksploracji osadów stało się znalezienie w nich paleobiologicznych szczątków neandertalskich: paliczków dłoni oraz zęba.