Mare Nostrum Lab jest jednym z czterech tzw. Projektów Flagowych Priorytetowego Obszaru Badawczego realizowanego w ramach specjalnego programu Inicjatywa Doskonałości Uczelnie Badawcze Ministerstwa Nauki i Edukacji przyznanego dla najlepszych uczelni naukowych w Polsce.
Głównym celem Mare Nostrum Lab jest nadanie nowego impulsu badaniom związanym z dziedzictwem kulturowym społeczeństw regionu Morza Śródziemnego. Rejon ten, o kluczowym znaczenia dla cywilizacji Europy, Bliskiego Wschodu i Północnej Afryki, jest w centrum zainteresowania wielu naukowców Uniwersytetu Jagiellońskiego. Badania rozwijane w ramach Projektu supiają się w szczególności wokół trzech interdyscyplinarnych obszarów badawczych: archeometrii, teledetekcji oraz digitalizacji.